המוסד החינוכי בגן-שמואל הוא ללא ספק אחד הפרקים החשובים בתולדות הקיבוץ. הוא סיים את חייו בין 1996, השנה שבה נחתם ההסכם בין גן-שמואל למועצה האזורית על העברת הבעלות לידי המועצה, ל-1998, השנה שבה יצא המוסד, בחודש אפריל, מגן-שמואל והפך לבית-ספר אזורי במתחם המועצה. כלומר, המוסד החינוכי בגן-שמואל פעל יובל (50) שנים בדיוק. תקופה מכובדת ורבת תהפוכות.