בשנת 1998 עברו חניכי המוסד ללמוד בבית הספר האזורי "גוונים", אבל הפעילות התרבותית, החברתית והחינוכית של הקבוצות, המשיכה בשטח המוסד בסיום כל יום לימודים ובחופשים.

המסגרת החדשה של המוסד נקראה בהתחלה: "הפנימייה", ולאחר מכן היא נקראה: "הנעורים", שזהו שמה עד היום. את פעילות הנעורים מלווים מדריכים מהקיבוץ ומ"השומר הצעיר".

ב"נעורים" ממשיכים לקיים מספר רב של פעילויות ששייכות למסורת של המוסד החינוכי כמו: "ההבראה", נשף פורים ו"משתה אחשוורוש", סרטי סיום י"ב, מפקד ל"ג בעומר, פעילות שומרית, חגים ומסיבות בנושאים שונים ועוד. במהלך השנים נוצרו גם פעילויות נוספות כמו: אירוח קייטנת "אילן", ופעילויות אחרות למען הקהילה.
קבוצות "כוכב" ו"פלג" שסיימו י"ב ב- 1998 היו הקבוצות האחרונות שלמדו מ- ז' עד י"ב בגן שמואל.

הקבוצות שלמדו חלק מהזמן במוסד וחלק מהשנים ב"גוונים" היו: 
אלמוג (סיימו י"ב ב-1999)
שחר (2000)
ענן (2001)
מנגו (2002)
אגוז (2003)

הקבוצות שלמדו ב"גוונים" מכיתה ז' – י"ב :
פטל (סיימו י"ב ב- 2004)
נשרים (2005)
תפוז (2006)
הרדוף (2007)
דובדבן (2008)
עיט (2009)
נחל (2010)
דולפין (2011)
תות (2012)
פעמון (2013)
שמש (2014)
ירח (2015).